Боевые действия непосредственно на территории Крупского района развернулись 4 – 8 июля. В это время на север от Крупок в районе деревень Выдрица и Ухвала вела оборонительные бои 100-я стрелковая дивизия под командованием генерал-майора И.М. Руссиянова. Жестокие бои развернулись также вдоль главной автомагистрали Минск-Москва. Здесь мужественно держали оборону бойцы 1-й Московской Пролетарской мотострелковой дивизии во главе с полковником Я.Г. Крейзером. Жестокие бои шли на рубеже реки Нача, в околицах г.п. Крупки, на реке Бобр. На рассвете 4 июля дивизия растянулась на 25 км и заняла оборону на восточном берегу реки Нача.

9 июля 1941 года территория района была оккупирована фашистами. Она вошла в зону тыла армейской группы армий «Центр». 

18 июля 1941 года фашисты создали Крупскую районную управу, чтобы заниматься хозяйственной деятельностью. Весь район был разделен на 14 волостей во главе с бургомистрами, в деревнях командовали старосты. Совсем не хозяйствовать на нашей земле собирались фашисты. Фактически власть принадлежала не управе, а немецкому военному командованию. В Крупках находилось гестапо, которое располагалось на ул. Пушкина, при нем была тюрьма. Вторая тюрьма находилась возле комендатуры, которая была на месте современного Дома культуры. В Крупках, Холопеничах располагались части гестапо, оборудовались тюрьмы, в двух километрах от Крупок находился концлагерь, где был установлен вагон-душегубка. За годы войны в нем было уничтожено более двух тысяч человек. В Крупках также работала школа по подготовке агентов гестапо. За пойманного партизана было обещано вознаграждение – 13 пудов соли, за выявление лиц, связанных с партизанами, – 5 пудов соли. Вооруженной опорой оккупационного режима стали гарнизоны и полицейский аппарат, а также войска СС. Гарнизоны располагались в первую очередь около стратегических дорог и магистралей. Обычно в гарнизоне насчитывалось около ста человек, но были и крупные гарнизоны. Например, в Крупках – 400, в Бобре – 120 человек. В первые месяцы оккупации было проведено массовое уничтожение еврейского населения. 18 сентября 1941 года возле д. Лебедево было уничтожено 1975 жителей Крупок, в Бобре — 961 житель Бобра, под Холопеничами – 2 700 жителей пос. Холопеничи и д. Шамки. В это же время было принято распоряжение, предусматривавшее мобилизацию трудоспособного населения для использования их на работе в тылу или в Германии. В годы оккупации из Крупского района вывезено в Германию много молодежи. 

С 1942 года началось широкое партизанское движение, создавались партизанские зоны, а с 1943 года советский фронт подошел к границам Белоруссии. Жителям запрещалось подходить ближе 100 метров к железной дороге, входить в здание железнодорожного вокзала, ходить из деревни в деревню, был установлен комендантский час с 18 часов 30 минут до 5 часов утра. За его нарушение расстреливали. Создавались партизанские отряды. Организаторами их стали окруженцы и местные жители. Одним из первых таких отрядов стала группа окруженцев, возглавляемая С.Г. Жуниным. К ним присоединились местные жители и группа красноармейцев. Так был создан отряд «Сергея». Несколько позже возникли и стали действовать группы Куликова, Можейки, Гурского. Они стали ядром 8-й Круглянской партизанской бригады. На территории Толочинского района в июле 1941 года начал действовать организованный из числа командиров и красноармейцев партизанский отряд В.С. Леонова. Он положил начало Сенненской бригаде. В апреле 1942 года группа жителей деревни Выдрица создала отряд имени Ворошилова. Его командиром избрали Ф.В. Юданова. Партизанские отряды создавались также на базе групп из числа работников НКВД, которые направлялись во вражеский тыл для диверсионной работы. Группа А.Я. Василевского, вступив в сражение с фашистами, была расстреляна. 

На территорию района была заброшена на парашютах диверсионная группа Е.Ф. Колесовой. Она состояла из 12 девушек. За короткое время с мая по сентябрь 1942 года группа взорвала железнодорожный мост, 4 вражеских эшелона, 7 эшелонов вместе с другими диверсионными группами, 3 автомашины, участвовала в разгроме шести гарнизонов. 11 сентября 1942 года во время разгрома Выдрицкого гарнизона Елена Колесова погибла. Посмертно ей присвоено звание Героя Советского Союза. Сегодня имя этой мужественной девушки носит пионерская дружина ГУО «Крупская районная гимназия». К партизанам стали относиться как к регулярным войскам, части Красной Армии, которая действовала в тылу врага. Крупные партизанские силы были в районе деревни Ухвала. Командиром 8-й бригады стал С.Г. Жунин. В годы войны отряды бригад, которые действовали на Крупщине, разгромили 9 полицейских гарнизонов, совершили нападение на 4 гарнизона. Главное внимание всех партизанских отрядов и диверсионных групп притягивала магистраль Минск – Москва. За три года оккупации на коротком участке между населенными пунктами Красновка – Приямино было совершено 159 диверсий. Урон фашистам, особенно на железной дороге, партизаны делали огромный. Участок между Оршей и Борисовом считался особенно опасным. Не проходило и дня, когда бы не совершена была одна или несколько диверсий. Рельсовая война привела к тому, что движение на железной дороге ночью было прекращено. В боевых операциях на железной дороге особенно отличился уроженец Крупского района А.С. Лукашевич. О его подвиге рассказывает С.Г. Жунин в книге «От Днепра до Буга». 13 ноября 1943 года А.С. Лукашевич попал в засаду и, будучи тяжело раненным, взорвал себя и врагов гранатой. А.С. Лукашевичу посмертно присвоено звание Героя Советского Союза. Бригада Леонова за первую половину 1944 года взорвала 22 эшелона, 46 автомашин. Сложную операцию по уничтожению моста через р. Эсса провели партизаны Богушевской зоны 11.03.1944 г. Мост был укреплен 4 дзотами, серьезно охранялся гарнизоном. Переодевшись в женскую одежду, партизаны смогли перехитрить немцев и взорвали мост. 

Таким образом, в годы оккупации на территории района действовали 6 тысяч партизан. Ими было взорвано за три года 134 эшелона врага, 89 автомашин, 9 мостов, разгромлено 8 гарнизонов. По данным, которые направлялись в БЦШПР, на территории района было убито или ранено около 10 тысяч фашистов. По мнению историков, по своему масштабу действия белорусских партизан не имеют аналогов в истории войны. Партизаны не могли бы эффективно действовать без помощи и поддержки населения. Практически в каждой деревни были связные, которые передавали сведения о перемещении врагов. В Крупках, Холопеничах, Наче, Лютых, Обчуге, Топорищах, Хотюхово и других населенных пунктах существовали подпольные группы. Подпольщикам и связным приходилось работать в очень тяжелых условиях во вражеском окружении. Не имея опыта конспирации, многие попадали под подозрение, подвергались арестам, насилию. 237 уроженцев района, связных и подпольщиков, были расстреляны, многие отправлены в тюрьмы, концлагеря, откуда вернулись далеко не все.

Освобождение Крупского района проходило во время операции «Багратион». Одним из рубежей обороны фашистов стала переправа через реку Бобр у поселка Бобр. Утром 27 июня 1944 года в 7 часов утра началось наступление ударных групп Красной армии. Танкисты завязали бой на восточной окраине поселка. До 16 часов Бобр был очищен от врага. Решающий этап в освобождении Крупского района наступил 28 июня 1944 года. К утру бой переместился в лес на западном берегу реки. В этом бою совершил свой подвиг оперуполномоченный отдела 19 танковой бригады лейтенант Василий Михайлович Чеботарев (посмертно ему было присвоено звание Героя Советского Союза). К вечеру бой переместился в район деревни Шкорневка. В то же время петля окружения постепенно затягивалась около поселка Крупки. К вечеру райцентр Крупки был освобожден, заканчивался второй день освобождения района. На исходе третьего дня боев территория Крупского района была очищена от оккупантов.

Во время Великой Отечественной войны на Крупщине погиб 7371 человек. Были сожжены полностью 10 и частично 12 деревень. Однако никакие зверства фашизма не смогли сломить боевой дух людей. 2614 крупчан были награждены орденами и медалями. 

С первых дней освобождения в городе начинается восстановление народного хозяйства. Осенью 1944 года начали работать промышленный комбинат, кожевенный и кирпичный заводы, МТС, радиоузел, телефонно-телеграфная станция, районная больница, детский дом. В послевоенный период построены универмаг, культмаг, книжный магазин, хлебозавод, кинотеатр, производственные мастерские райсельхозтехники, плодоовощной завод, школы и т.д. В 1980-е годы построена новая больница.